Wodór powstaje na drodze rozkładu cukrów przez bakterie w jelicie cienkim. Z tego mechanizmu wynika procedura badania.

Na początku pacjent spożywa cukier: glukozę lub laktulozę. Wytworzone gazy przez mikroorganizmy bytujące w jelicie cienkim wraz z krwiobiegiem trafiają do płuc i następnie, z wydychanym powietrzem do aparatury mierzącej ich stężenie.

Badanie trwa ok. 180 minut. Nieodłącznym elementem badania jest odpowiednie przygotowanie, które należy w niektórych przypadkach rozpocząć już tydzień przed badaniem. Niestety, brak przygotowania do testu może uniemożliwić jego wykonanie. Przygotowanie obejmuje w pierwszej kolejności odstawienie niektórych leków, a tuż przed badaniem – modyfikację diety.